Уже со второго дня войны Кронштадтский морской завод перешёл на режим работы военного времени. 27 июня 1941 года в Кронштадт на ремонт пришёл подорвавшийся на мине крейсер «Максим Горький». Взрывом у него была оторвана носовая часть. Через 43 дня он снова встал в строй.
По мере приближения фронта завод всё более превращался в крепость. На территории завода были созданы 10 бронированных огневых точек, 114 блиндажей, 2 дота, в зданиях – 160 амбразур. Было протянуто 2000 м заграждений, вырыто 700 м щелей, 3 убежища, санпункт, склад боеприпасов, проведены маскировочные работы.
В сентябре 1941 года гитлеровцы начали проводить регулярные бомбардировки и артобстрелы Кронштадта. Морской завод был одной из приоритетных целей. Всего за 1941 год на его территорию упали 1241 снаряд и 31 бомба. Аварийно-восстановительные команды сразу после налетов приступали к ликвидации их последствий. Несмотря на такие условия, работа не прекращалась. Рабочие завода трудились по 18-20 часов в сутки, чтобы в срок были выполнены все задания.
Стена дока «С» разрушенная во время бомбардировки в 1941 годуК маю 1942 года кронштадтцы отремонтировали более 200 судов и 300 катеров, подняты и отремонтированы лидер «Минск», ледокол «Тасуя» и другие. Введена в строй вторая башня линкора «Марат».
Зимой 1942 года авианалёты на Кронштадт уменьшились, но артобстрелы продолжались. За этот год на территории завода разорвалось 548 снарядов. Но заводчане продолжали работать в две смены под лозунгом «Всё для фронта. Всё для победы». За второй год войны Морской завод отремонтировал 125 кораблей, из которых 40 крупных.
В следующем году Кронштадт продолжал оставаться на линии огня и подвергался артиллерийским обстрелам. На заводе за 1943 год взорвалось 923 снаряда и 63 бомбы. Заводчане ответили ударным трудом, отремонтировав только к апрелю 119 кораблей.
Разрушения на территории Кронштадтского морского завода в результате бомбардировок и артобстреловВсего за 1943 год Кронштадтский морской завод вернул в строй 229 кораблей. Пять судов прошли капитальный ремонт. Завод стал снова выпускать морские шлюпки и 12-вёсельные баркасы. Всего же завод выполнил 1380 оперативных заказов и завершил годовой план ремонтов досрочно в ноябре 1943 года.
В конце 1943 и начале 1944 года Морской завод активно участвовал в подготовке вооружения для операции «Январский гром», приведшей к разгрому гитлеровцев под Ленинградом и полному снятию блокады 27 января 1944 года. После этого Кронштадт продолжал работать для фронта уже без бомбёжек и артобстрелов. 31 мая 1944 года за успешное выполнение боевых заданий и самоотверженный героический труд коллектив завода был награждён высокой правительственной наградой - орденом Ленина.
Карта артобстрела и бомбёжек территории завода противником.1941-1945 годыЗавод 880 дней находился на линии вражеского огня. На территорию завода было сброшено 115 бомб, по нему было выпущено 2715 артиллерийских снарядов. Погибли на рабочих местах во время артобстрелов и авианалётов - 88 человек, умерли от голода - 823.