"Новики" на момент начала войны составляли 1-й дивизион эскадренных миноносцев Черноморского флота. В него входили: "Незаможник", "Фрунзе", "Железняков", "Дзержинский" и "Шаумян".
На юге страны оборона Одессы продолжилась обороной Севастополя. В результате беспримерной в истории по героизму и продолжительности обороны Севастополя оказалась связанной на восемь месяцев трехсоттысячная группировка фашистской армии.
Для обороны города был создан постоянный корабельный отряд артиллерийской поддержки, в который вошли крейсера "Червона Украина","Красный Крым", "Красный Кавказ", эсминцы "Бодрый", "Незаможник", "Шаумян", "Железняков" и "Дзержинский". Отряд возглавил начальник штаба эскадры капитан I ранга В.А. Андреев
В последних числах 1941 года, в дни, когда Севастополь отражал декабрьский штурм силами РККА и РККФ в период с 26 декабря 1941 по 2 января 1942 года была проведена Керченско-Феодосийская десантная операция – одна из крупнейших морских десантных операций Великой Отечественной войны . Целью ее было освобождение Керченского полуострова и создание плацдарма для действия наших войск по снятию блокады Севастополя и освобождению Крыма. Главным пунктом высадки десанта избрали Феодосийский порт, причалы которого позволяли швартовку боевых кораблей с войсками и тяжелой техникой. Командиром отряда высадки был назначен капитан 1 ранга Н.Е. Басистый.
Керченско-Феодосийская десантная операцияВечером 28 декабря из Новороссийска вышел отряд корабельной поддержки под командованием капитана 1 ранга В.А. Андреева в составе крейсеров "Красный Кавказ" и "Красный Крым", эскадренных миноносцев "Шаумян", "Незаможник" и "Железняков" с транспортом "Кубань", на борту которых находился передовой отряд десанта в составе более 5000 бойцов.
Kрейсер Красный Кавказ" принял на борт личный состав 251-го горнострелкового полка(с 1.01.42г. полк включен в состав 63-й ГСД) Всего принято 1586 человек, 6 шт. 76 мм пушек, 2 шт. 107 мм миномета, 15 автомашин.
Kрейсер"Красный Крым" принял на борт личный состав 633-го полка: 2000 чел, два 120 мм миномета, боезапас, провиант.
Эскадренный миноносец "Железняков" принял 287 десантников. Уточнить, какое подразделение было на эсминце, не удалось, однако, при работе с документами, выяснилось, что в десанте участвовал не только 633-й стрелковый полк 157-й дивизии. В сводках упоминается и батальон 716-го стрелкового полка этой же дивизии.
Эскадренный миноносец "Шаумян" взял на борт остатки 251-го горнострелкового полка: 330 человек, 2 шт. 76 мм пушки, два горных 107 мм миномета.
Эскадренный миноносец "Незаможник" принял на борт одно 76 мм орудие и 289 десантников.
двенадцать СКА (катера,типа "МО") взяли на борт 300 десантников 1-го отряда (группа л-та Айдинова)
Тральщики N14 (он жеТ-404, он же "Щит"), и N16 (он же Т-412, он же будущий "Арсений Раскин") приняли на борт второй десантный отряд 9-й бригады, в составе 295 десантников.
В 17 часов 30 минут 28.12.41г. на новороссийский рейд были выведены все морские охотники и тральщики
В 18 часов 30 минут вышли три эсминца-новика "Шаумян", "Железняков", "Незаможник".
В 19 часов вышли крейсера.
В 20 часов, после выхода за кромку минного заграждения, корабли построились в походный ордер, и направились к Феодосии 16 узловым ходом.
По состоянию на 22 часа волнение моря 2 балла,ветер южный, 2-3 метра в секунду.
В 3 часа ночи прибывшие боевые корабли перестроились в кильватерную колонну (первым ЭМ "Шаумян", за ним два крейсера, за ними два эсминца, за ними отряд высадочных средств) и двигаясь вдоль кромки минного заграждения (в 2,5 милях от берега), в 3 часа 50 минут открыли огонь по Феодосии и станции Сары-Голь. "Шаумян" и "Железняков" вели огонь осветительными снарядами. Огонь велся в течение 10 минут по площадям без корректировки.
В 4 часа 40 минут 29 декабря эсминец "Шаумян" прошел боковые ворота и первым из крупных кораблей вошел в Феодосийскую гавань, вслед за ним в 4 часа 56 минут - эсминец "Незаможник", а в 5 часов - "Железняков"."Шаумян" под огнем противника подошел к Широкому молу и в 5 часов 51 минуту закончил высадку десанта. Попаданием снаряда на нем была сбита грот-мачта, убито 2 и ранено 7 чел. Одновременно эсминец вел огонь по огневым точкам противника. После высадки десанта "Шаумян" вышел на рейд и оттуда продолжал периодически обстреливать по указаниям корректировочных постов батареи и огневые точки немцев."Незаможник", подойдя к стенке в юго-западной части гавани, в 5 часов 10 минут начал высадку десанта и в 5 часов 35 минут закончил ее. По инициативе боцмана мичмана А.Г. Егорова десант высадился прямо с полубака всего за 16 мин. При швартовке он повредил форштевень выше ватерлинии и в 9 часов 15 минут был направлен в порт Новороссийск, куда и дошел 7-узловым ходом."Железняков", подойдя к стенке в южной части гавани, в 5 часов 40 минут приступил к высадке десанта и закончил ее в 7 часов. В момент подхода к пристани в кают-компанию эсминца попала мина, в результате чего было убито 7 бойцов корректировочной группы. После высадки десанта "Железняков" вышел на рейд.
В 4 часов 35 минут крейсер "Красный Крым" стал на якорь в двух кабельтовых от феодосийского Широкого мола и в 4 часа 48 минут начал высаживать десант сначала с помощью четырех барка-зов, а затем - шести сторожевых катеров и ТЩ-14. Высадка была закончена в 9 часов 15 минут, за это время в крейсер попали 8 снарядов и 3 мины. Были выведены из строя 130-мм орудия - 3, 7 и 12. Убито 18 и ранено 46 человек. из команды и десанта.Одновременно "Красный Крым" сделал несколько одиночных выстрелов по огневым точкам противника в порту и на мысе Илья по скоплениям германских войск прямой наводкой с дистанции 4-12 кабельтовых. После высадки десанта крейсер снялся с якоря и отошел к югу. В 5 часов 02 минуты "Красный Кавказ" под артиллерийским и минометным огнем противника подошел к внешней стороне феодосийского Широкого мола и начал швартоваться, одновременно высаживая десант с помощью барказов. Швартовке мешал сильный отжимной юго-западный ветер силой до 6 баллов. Буксиров в этот момент не оказалось. И лишь к 7 часов 15 минут крейсеру удалось поджаться кормой к молу и подать на берег сходни. После этого высадка пошла успешнее, но выгрузить артиллерию и автомашины было невозможно, так как причал был очень загроможден.В 8 часов 08 минут высадка десантников была закончена. К этому времени немцы еще более усилили огонь по крейсеру, и было решено отойти от мола, не разгружая матчасти артиллерии и автомашины. В 8 часов 10 минут "Красный Кавказ" отошел от мола, и только в 16 часов ему удалось перегрузить артиллерию и автомашины десанта на подошедший транспорт "Азов".Всего боевые корабли отряда корабельной поддержки высадили 4512 человек из которых "Красный Кавказ" - 1586, "Красный Крым" - 2000, "Шаумян" - 330, "Незаможник" - 289, "Железняков" - 287 чел.
Кроме того, "Шаумян" выгрузил два 76-мм орудия, два 107-мм горных миномета, а "Незаможник" - одно 76-мм орудие и 17 ящиков мин.Таким образом, к 11 часов 30 минут первый бросок десанта был высажен, за исключением артиллерии и автомашин, остававшихся к этому времени на "Красном Кавказе". В ходе высадки "Красный Кавказ" выпустил 12 180-мм, 429 100-мм и 472 45-мм снаряда; "Красный Крым" - 318 130-мм и 430 45-мм снарядов; "Железняков" - 151 102-мм и 12 76-мм снарядов; "Незаможник" 54 102-мм снаряда.
В 23 часов 05 минут 29 декабря отряд корабельной поддержки в составе крейсеров "Красный Крым" и "Красный Кавказ", эсминцев "Железняков" и "Шаумян", не получив дальнейших задач на стрельбу, стал на якорь в глубине Феодосийского залива. Погода не улучшалась, дул северо-западный ветер силой до 7 баллов, продолжалась пурга, волнение на море достигало 4-5 баллов.В 3 часа ночи 30 декабря эсминец "Железняков", имея соленость в котлах, не дождался транспортов, которые он должен был конвоировать по окончании ими высадки, и ушел в Новороссийск. В 19 часов 05 минут ушли в Новороссийск "Красный Крым" и "Шаумян".В 1 час 30 минут 31 декабря командир высадки <А> со своим штабом перешел на эсминец "Сообразительный", а крейсер "Красный Кавказ" был отправлен в Туапсе.
За время операции «Железняков» израсходовал 102-мм: осколочно-фугасных снарядов 56, фугасных-65, осветительных -12, шрапнелей 16 (всего 149); 76,2-мм шрапнелей 196, 45-мм осколочно-трассирующих 129 и 219 т мазута. Расстрел 102-мм орудий составил 76,4 — 93,4 %. Потери- 5 убитых, 16 раненых, в корабль попали 1 снаряд и 3 мины, 2 надводные пробоины, 1 пожар.
Боевая служба корабля8 января в 18 часов эсминцы "Способный" и "Железняков", транспорт "Жан-Жорес" и тральщик "Геленджик" с войсками на борту вышли из Новороссийска в Феодосию. В 19 часов 07 минут ЭМ "Способный" в районе мыса Мысхако подорвался на мине советского минного заграждения. Носовая часть эсминца до 41-го шпангоута была оторвана и затонула. Погибли 104 чел. из них 20 чел. команды корабля. 9 января эсминец "Железняков" привел "Способный" на буксире в Новороссийск.
В тот же день (9 января) эсминец доставил из Новороссийска в Феодосию роту связи и 10 января вернулся в Новороссийск.
Десанты в Судак и в ЕвпаториюВ 13 часов 15 января отряд корабельной поддержки (линкор "Парижская Коммуна" и эсминцы "Безупречный" и "Железняков") и отряд высадки (крейсер "Красный Крым" с 500 десантниками и эсминцы "Сообразительный" и "Шаумян" также с бойцами десанта) вышли из Новороссийска. В 14 часов эти корабли обстреляли появившийся самолет-разведчик и, чтобы обмануть неприятеля, легли на курс 260, который вел значительно южнее Севастополя.
Основной десант высаживался в ночь на 16 января 1942 года непосредственно в Судакской бухте (главные силы 226-го горно-стрелкового полка из состава 63-й горнострелковой дивизии 44-й армии, командир майор Г. Н. Селихов, численность 1 750 человек, с четырьмя орудиями). Высадка производилась при семибалльном шторме и ураганном ветре с крейсера «Красный Крым», эсминцев «Сообразительный» и «Шаумян», канонерской лодки «Красный Аджаристан», 6 катеров «морской охотник» при артиллерийской поддержке линкора «Парижская коммуна» эсминцев «Безупречный» и «Железняков». В операции также участвовали две подводные лодки, выполнявшие роль плавучих маяков. Командующий операцией — контр-адмирал Л. А. Владимирский. В Судаке были только румынские части, бежавшие после начала артобстрела. К вечеру 16 января десантники захватили Новый Свет, Кучук Таракташ (Малый Таракташ) и Биюк Таракташ (Большой Таракташ, ныне Дачное). В некоторых из этих пунктов имели место ожесточённые бои, в которых советские десантники потеряли до 100 человек, а немецко-румынские войска — до 300 солдат, также десантники захватили 4 орудия, 450 винтовок, 9 автомашин, 1 станковый пулемёт, 2 миномета, 1 артиллерийский склад и 11 пленных (из них два офицера). В боях 17 января десант потерял до 160 человек, противник — до 220 человек, были захвачены ещё 2 миномёта и несколько десятков единиц стрелкового оружия. Главная задача — содействие наступлению советских войск в районе Феодосии - потеряла смысл, так как 15 января части 11-й немецкой армии Манштейна сами перешли в наступление и 17 января Феодосия была оставлена советскими войсками. В 9 утра 17 января линкор "Парижская Коммуна" в охранении эсминцев "Безупречный" и "Железняков" прибыл в Поти.
С 3 по 4 февраля 1942 года «Железняков» принимал участие в высадке десанта в Евпаторию.
Боевая служба корабля4-5 февраля 1942 года «Железняков» сопровождал «Парижскую Коммуну» на переходе из Поти в Новороссийск. 10-12 февраля он конвоировал теплоход «Абхазия» из Новороссийска в Севастополь.
Вечером 26 февраля 1942 года эсминец, в сопровождении двух СКА вышел из Севастополя к Евпатории, состояние моря: ветер 6 баллов, волнение - 4. Ночью 27 февраля он обстрелял берег занятый противником, израсходовав 62 снаряда. После первого залпа эсминец был освещен прожектором, и по нему открыли огонь две береговые батареи противника. При возвращении в Севастополь, «Железняков» обстрелял Качу, выпустив 16 снарядов.
«Железняков» в составе отряда артиллерийской поддержки участвовал в высадке демонстративного десанта у Алушты. Между 18 часов 10 минут и 18 часов 40 минут 28 февраля 1942 года базовые тральщики «Мина» и № 27 и четыре сторожевых катера вышли из Севастополя в море, имея задачей высадить демонстративный десант в районе Алушты. Крейсер «Красный Крым» и эсминцы «Шаумян» и «Железняков» вышли в тот же район для огневой поддержки демонстративного десанта. Несмотря на сильный огонь противника (этот район занимали румыны), в ночь на 1 марта десант был высажен. Крейсер «Красный Кавказ» выпустил по Алуште и окрестностям 82 130-мм снаряда. «Шаумян» и «Железняков» выпустили соответственно 55 и 52 102-мм снаряда. Десантники пробыли на берегу до четырех часов утра, а затем вернулись на корабли. 1 марта в 12 часов 00 минут десантный отряд возвратился в Севастополь, а отряд корабельной поддержки отошел в квадрат дневного маневрирования.
20 марта «Железняков» с лидером «Ташкент» и эсминцами «Бойкий» и «Безупречный» в 18.00 вышел из Новороссийска, сопровождая линкор «Парижская Коммуна» в Феодосийский зал. Ночью 21 марта линкор обстрелял с. Владиславовка. После присоединения к отряду эсминца «Бдительный», «Железняков» вышел из ордера, в 13.00 встретил теплоход «Абхазия» и тральщик «Щит», шедшие из Севастополя в Туапсе и сопровождал их до темноты, затем повернул в Новороссийск.
22 марта в 8.15 на эсминце, шедшем в Новороссийск, обвалились от износа боковые стенки топок (кладка) котлов № 1,2,3. Корабль остался без хода и запросил помощи, из Туапсе в 9.00 вышли буксир СП-16 и эсминец «Свободный», а из Поти — лидер «Харьков». В 17.10 на буксире «Свободного» в охранении лидера, «Железняков» был приведен в Туапсе, а затем он перешел в Поти на ремонт.
В течение дня 28 апреля 1942 года конвой в составе транспорта "А. Серов", эсминца "Железняков", базовых тральщиков "Щит", "Якорь", "Взрыв" и двух сторожевых катеров, следовавший из Севастополя в Новороссийск, был трижды безуспешно атакован немецкими самолетами. В 11 часов 20 минут он был атакован в 70 милях к югу от мыса Меганом тремя торпедоносцами, в 11 часов 55 минут шестью бомбардировщиками, сбросившими 24 бомбы, и в 16 часов 45 минут пятью бомбардировщиками Ю-88, сбросившими 20 бомб. Для прикрытия конвоя с воздуха из Новороссийска вылетели два ДБ-3, два СБ и два МБР-2».наши корабли повреждений не получили, за исключением того, что маневрировавший эсминец «Железняков» слегка задел тральщик и помял себе форштевень. Тральщик же существенных повреждений не получил. Убитых и раненых на кораблях не было.
С мая 1942 года до 1 января 1943 года эсминец «Железняков» стоял в ремонте. В октябре 1942 года командиром корабля был назначен капитан 3-го ранга (впоследствии капитан 2-го ранга) Чверткин Иосиф Абрамович.
С 8 по 20 января 1943 года корабль участвовал в перевозке грузов и войск между портами Кавказа. 24 января 1943 года «Железняков» вышел в море к границе территориальных вод Турции, где встретил транспорт «Ульянов», шедший из Трапезонда и прибыл с ним в Батуми.
Десант в Южную Озерейку«Железняков» участвовал в операции по высадке оперативного десанта в районе Южная Озерейка - Станичка, в составе отряда корабельной поддержки. 3 февраля 1943 года в 17.33 с эсминцем «Незаможник» он прибыл в Геленджик и в 19.40 вышел к месту высадки десанта в районе Южной Озерейки. Ночью 4 февраля, находясь на правом фланге высадки, эсминец обстреливал новороссийскую долину и Озерейку, подавляя огневые точки и прожектора противника. Израсходовал 109 фугасных 102-мм снарядов и 18 гранат. За время операции отразил 6 атак авиации противника. В 6.20 командир высадки приказал кораблям отходить. «Железняков» конвоировал отряд транспортов в Туапсе.
Боевая служба корабля10 и 13 февраля 1943 года «Железняков» доставлял из Туапсе в Геленджик пополнение (10 февраля - 500 и 13 апреля - 1350 человек). После высадки войск эсминец направлялся в район Анапы. Ночью 11 февраля он обстрелял порт Анапы, выпустив 80 снарядов и с. Благовещенское (30 снарядов), ночью 14 февраля обстрелял Анапу, израсходовав 20 снарядов. Выполнив стрельбы, эсминец возвращался в Туапсе.
В марте «Железняков» конвоировал транспорты между портами Кавказа.
Ночью 1 мая эсминец, совместно со сторожевым кораблем «Шторм» обстреляли аэродром Анапы, выпустив 156 снарядов. Освещали цель и корректировали стрельбу самолеты МБР-2. На аэродроме наблюдалось зарево и вспышки. Противник противодействия не оказал. Нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов объявил благодарность всему личному составу кораблей.
Моряки эсминца Черноморского флота «Железняков» наблюдают за боями в Новороссийске. Фотография сделана 16 сентября 1943 года - в день освобождения города. В кадре видны: слева - 102-мм корабельное орудие, справа - 45-мм полуавтоматическое корабельное орудие 21-К.1 октября «Железняков», выйдя из Батуми к границе турецких территориальных вод, встретил транспорт «А. Серов», шедший из Трабзона и прибыл с ним в Батуми. 23–24 ноября он отконвоировал «А. Серов» из Батуми до границы турецких тервод, и вернулся в Поти.
В целом, после бездарной набеговой операции, закончившейся 6 октября 1943 года гибелью трех лучших кораблей Черноморского флота во главе с лидером "Харьков", до самого конца войны действия советских крупных надводных кораблей на Черном море отличаются крайней пассивностью. Даже в мае 1944 года, в ходе освобождения Крыма, несмотря на полное превосходство над противником во всех родах войск, Ставка не решается использовать флот.
В апреле 1944 года в командование эсминцем вступил капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3 ранга) Кокка Григорий Петрович.
5 ноября 1944 года в составе эскадры Черноморского флота «Железняков» вернулся в Севастополь.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 июля 1945 г. за образцовое выполнение боевых заданий командования и проявленное при этом экипажем доблесть и мужество эсминец «Железняков» был награжден орденом Красного Знамени.