Уже со второго дня войны Кронштадтский морской завод перешёл на режим работы военного времени. 27 июня 1941 года в Кронштадт на ремонт пришёл подорвавшийся на мине крейсер «Максим Горький». Взрывом у него была оторвана носовая часть. Через 43 дня он снова встал в строй.
По мере приближения фронта завод всё более превращался в крепость. На территории завода были созданы 10 бронированных огневых точек, 114 блиндажей, 2 дота, в зданиях – 160 амбразур. Было протянуто 2000 м заграждений, вырыто 700 м щелей, 3 убежища, санпункт, склад боеприпасов, проведены маскировочные работы.
В сентябре 1941 года гитлеровцы начали проводить регулярные бомбардировки и артобстрелы Кронштадта. Морской завод был одной из приоритетных целей. Всего за 1941 год на его территорию упали 1241 снаряд и 31 бомба. Аварийно-восстановительные команды сразу после налетов приступали к ликвидации их последствий. Несмотря на такие условия, работа не прекращалась. Рабочие завода трудились по 18-20 часов в сутки, чтобы в срок были выполнены все задания.
Стена дока «С» разрушенная во время бомбардировки в 1941 году
К маю 1942 года кронштадтцы отремонтировали более 200 судов и 300 катеров, подняты и отремонтированы лидер «Минск», ледокол «Тасуя» и другие. Введена в строй вторая башня линкора «Марат».
Зимой 1942 года авианалёты на Кронштадт уменьшились, но артобстрелы продолжались. За этот год на территории завода разорвалось 548 снарядов. Но заводчане продолжали работать в две смены под лозунгом «Всё для фронта. Всё для победы». За второй год войны Морской завод отремонтировал 125 кораблей, из которых 40 крупных.
В следующем году Кронштадт продолжал оставаться на линии огня и подвергался артиллерийским обстрелам. На заводе за 1943 год взорвалось 923 снаряда и 63 бомбы. Заводчане ответили ударным трудом, отремонтировав только к апрелю 119 кораблей.
Разрушения на территории Кронштадтского морского завода в результате бомбардировок и артобстрелов


Всего за 1943 год Кронштадтский морской завод вернул в строй 229 кораблей. Пять судов прошли капитальный ремонт. Завод стал снова выпускать морские шлюпки и 12-вёсельные баркасы. Всего же завод выполнил 1380 оперативных заказов и завершил годовой план ремонтов досрочно в ноябре 1943 года.
В конце 1943 и начале 1944 года Морской завод активно участвовал в подготовке вооружения для операции «Январский гром», приведшей к разгрому гитлеровцев под Ленинградом и полному снятию блокады 27 января 1944 года. После этого Кронштадт продолжал работать для фронта уже без бомбёжек и артобстрелов. 31 мая 1944 года за успешное выполнение боевых заданий и самоотверженный героический труд коллектив завода был награждён высокой правительственной наградой - орденом Ленина.
Карта артобстрела и бомбёжек территории завода противником.1941-1945 годы
Завод 880 дней находился на линии вражеского огня. На территорию завода было сброшено 115 бомб, по нему было выпущено 2715 артиллерийских снарядов. Погибли на рабочих местах во время артобстрелов и авианалётов - 88 человек, умерли от голода - 823.